Vaxholms kommun har utvecklats från Vaholms stad som fick stadsrättigheter 1652.
Stadskommunen växte territoriellt över åren med överföring från Värmdö landskommun: Rindö (1913), Tynningö, Skarpö med flera öar (1950).
Vaxholms stad ombildades 1971 till Vaxholms kommun. 1974 sammanfördes kommunen under protest med Österåkers kommun.
1983 lyckades Vaxholm återfå sin kommunala självständighet- För att den återuppståndna kommunen skulle vara livskraftig tillfördes kommunen Bogesundslandet samt Resarö från Österåkers kommun.
2011 överfördes ögruppen Storholmarna till Lidingö kommun.
Vaxholm är en av de kommuner i Sverige som betecknar och beskriver sig som en stad.