Lidingö kommuns gränser sammanfaller i stort med ön med samma namn. Lidingö landskommun bildades 1862.
Landskommunen ombildades till Lidingö köping 1910. Köpingen växte till stad 1926. Staden ombildades till Lidingö kommun vid kommunreformen 1971. I samband med reformen överfördes ön Tranholmen till Danderyds kommun.
2011 överfördes ögruppen Storholmarna från Vaxholms kommun till Lidingö.
Lidingö kommun beslöt 1992 att kalla sig för Lidingö stad.